evolutionary biology 篇论文

进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。

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本研究表明，蛋白质语言模型将结构适应性与突变供应偏差相混淆，揭示了显式地解耦这些因素可以提高对新兴病毒变异株的预测能力，同时证实了选择压力在既有变异株频率中占据主导地位。

对热演化株系珊瑚共生体 *Cladocopium proliferum* 转录组的重新分析表明，区分具有不同热耐受性和白化耐受性的株系的并非整体基因表达的变化，而是差异化的外显子使用和可选择性剪接模式，这凸显了通过细微剪接分析来理解适应机制的必要性。

RegEvol 是一个新颖的框架，它通过将基于机器学习的转录因子结合预测与显式的进化模型相结合以推断适应度函数，从而检测调控 DNA 中的定向选择，并成功地在黑腹果蝇和人类基因组中识别出了适应性信号。

通过对超过11,000个细菌基因组进行空间建模与系统发育分析，本研究揭示了鞭毛运动性的演化与接触依赖型VI型分泌系统之间存在着强烈的、依赖性的关联，以增强竞争性遭遇，而其与扩散型细菌素之间则未表现出这种耦合关系。

尽管温度诱导了黑腹果蝇发育时间最剧烈的塑性变化，但营养压力才是重塑定向选择和进化潜力的主要驱动力，这表明导致最大塑性反应的环境因素并不一定决定该性状的选择与进化。

本文提出了一种新的量化理论方法，用于对系统发育推断中的 Gamma 率分布进行离散化处理，该方法显著降低了标准离散 Gamma 模型中固有的分支长度偏差，尤其是在具有短分支的大型树状结构中。

本研究表明，尽管现有的尖端速率法（tip-rate methods）可以利用化石和现存系统发育树来预测四足动物谱系的未来多样化，但其预测成功率仅为中等水平，且因所使用的具体模型和数据源的不同而存在显著差异。

本研究通过对宏基因组 18S rRNA 序列的分析以及完整 rDNA 操纵子的重建，鉴定出一种在野生摩洛哥巴巴里猕猴中广泛分布的新型、具有地理跨度的内质胞虫（*Chilomastix mesnili*）谱系，该谱系与常见的人类菌株明显不同，且与来自猪和日本猕猴的分离株亲缘关系较近。

通过分析 14 个物种的适应性氨基酸变化，本研究表明，分类群特异性的突变偏好强烈地塑造了分子适应的模式，其中发生频率较高的突变类型对适应性替换的贡献也不成比例地大。

本文提出了一种将几何精确的捕食模拟与能量消耗评估相结合的定量模型，用于预测太阳虫类（heliozoan）的生长速率，为理解多种单细胞真核生物摄食机制的进化适应性提供了一个具有广泛适用性的框架。